Początek XX w. był okresem dynamicznego rozwoju parafii. Konieczne stało się zbudowanie większej świątyni, bo XVII-wieczny kościółek pw. św. Małgorzaty stawał się zbyt ciasny.
Około 1899 r. sporządzono plany nowego kościoła. Miał być wzniesiony w stylu neogotyckim
i nosić wezwanie Niepokalanego Poczęcia NMP.
Budowę rozpoczął ks. Jacenty Jędrecki. Położono fundamenty i zgromadzono część potrzebnych materiałów. Prace przyspieszył pożar starego kościoła, co miało miejsce w roku 1905.
Do 1908 r. wzniesiono korpus nowej świątyni; w tymże roku konsekrował ją biskup włocławski Stanisław Zdzitowiecki. Wieżę budowano aż do 1937 roku.
Staraniem ks. prałata Wincentego Gmachowskiego zwieńczono ją strzelistym hełmem,
nad którym wznosi się żelazny krzyż.
Jak na początek ubiegłego wieku, była to wielka inwestycja, bowiem kościół w Wojkowie jest bardzo okazały, pozwala odbywać procesje odpustowe wewnątrz budynku, np. w czasie niepogody.
Lata II wojny światowej były okresem zastoju w rozwoju parafii. Okupanci zamknęli kościół,
a ówczesnego proboszcza, ks. Wincentego Gmachowskiego zesłali do obozu zagłady w Dachau, gdzie kapłan dokonał żywota.
Parafianie w ukryciu uczestniczyli w życiu religijnym sąsiedniej parafii Charłupia Wielka.
W 1945 roku parafia Wojkowska zaczęła powracać do życia, jednak dopiero rok 1955 przyniósł kolejne inwestycje, działo się to za ks. prób. Jana Kopra. Zakupiono dzwony o wadze 500 i 350 kg oraz zasklepiono kruchtę w kościele. W tym samym roku wyposażono wieżę kościelną w żaluzje, zbudowano żelbetonowy chór z drewnianą toczoną balustradą, położono podłogę na chórze i wymurowano ścianę oddzielającą go od wieży. Cały kościół został pomalowany, odnowiono ołtarz główny, ołtarze boczne oraz pozłocono drewniane tabernakulum. Kościół wyposażono w dwa szklane żyrandole oraz przesunięto balustrady na początek prezbiterium. Zakupiono baldachim oraz naczynia liturgiczne. W tym samym roku świątynia wzbogaciła się o nowe organy, gdyż stare okazały się zbyt słabe w stosunku do ogromnej kubatury kościoła.
W 1962 roku ks. proboszcz Bernard Sroka wyposażył świątynię w instalację elektryczną, a w 1966 zakupiono i umieszczono na ołtarzu głównym nowe, ogniotrwałe, metalowe tabernakulum.
W 1967 roku kościół otrzymał instalację nagłaśniającą, która niestety już w 1970 roku wymagała modernizacji. Dokonał jej ks. proboszcz Konstanty Hytry.
W latach 1968 -1982 stan niekonserwowanej świątyni znacznie się pogorszył. Budynek wymagał remontu. Ks. proboszcz Józef Zembol, od początku swego urzędowania planował ratowanie obiektu. W 1985 roku zaczął realizację zamierzeń od kapitalnego remontu dachu na kościele. Zniszczoną dachówkę zastąpiono blachą miedzianą, wymieniono także część więźby dachowej.
W 1987 r. budowlę wyposażono w elektryczne ogrzewanie akumulacyjne, a następnie przystąpiono do renowacji wnętrza: pomalowano ściany, odnowiono wyposażenie oraz odrestaurowano zabytkowe ołtarze, figury i obrazy. Miejscowy rzemieślnik, Kazimierz Wachowski ufundował ławki zamontowane na wcześniej wspomnianych grzejnikach. Świątynia otrzymała nowe nagłośnienie oraz oświetlenie halogenowe. Plac wokół kościoła wzbogacił się o nowe latarnie elektryczne, a okna prezbiterium ozdobiono pięknymi witrażami według projektu Jana Twarowskiego z Poznania. Sceny przedstawione na witrażach są ściśle związane z wezwaniem świątyni i przedstawiają zdarzenia z życia Maryi: Zwiastowanie, Nawiedzenie, Narodzenie Jezusa, Ucieczkę do Egiptu, Zdjęcie Jezusa z Krzyża, Złożenie do grobu, Wniebowzięcie, Ukoronowanie NMP.
W 2000 r. proboszczem parafii został ks. Jerzy Mikołajewski. Już w pierwszym roku jego pobytu w parafii dokonano kapitalnego remontu plebanii oraz uporządkowano ogród znajdujący się między kościołem a plebanią.
W 2001 r. odnowiono zewnętrzne mury kościoła, w roku następnym przeprowadzono kapitalny remont organów, zainstalowano 14 nowych ławek z przodu nawy głównej kościoła, a przed świątynią wykonano betonowe podjazdy dla wózków inwalidzkich. Pokryto ponadto asfaltem dwa przykościelne parkingi, a przy nich wybudowano parkan. W 2003 r. przeniesiono marmurową chrzcielnicę z nawy bocznej kościoła w pobliże prezbiterium oraz wyremontowano bramę i furtki, a stopnie prowadzące do kościoła pokryto antypoślizgowymi płytkami. Wykonano też metalową gablotę na ogłoszenia parafialne oraz dwa metalowe stojaki na rowery. Na początku 2004 r. umieszczono w kościele ekran i rzutnik automatyczny, umożliwiający wyświetlanie slajdów
z tekstami pieśni religijnych, a latem tegoż roku wykonano z kostki brukowej chodnik wokół świątyni i wyłożono takąż kostką plac przed kościołem. Jesienią tego samego roku zakupiono duży obraz Jezusa Miłosiernego i umieszczono go nad chrzcielnicą. W r. 2005 umieszczono na placu przed plebanią dużą figurę Matki Bożej wykonaną z piaskowca, a w kościele pokryto wszystkie ławki i konfesjonały gąbkami obszytymi materiałem.
Inwestycją z 2006 roku było zainstalowanie automatu do uruchamiania dzwonów na wieży kościelnej i zainstalowanie kurantów do wygrywania melodii kościelnych pieśni.
W celu uniemożliwienia gołębiom i innym ptakom gromadzenia się wewnątrz wieży, zasłonięto wszystkie okiennice siatką drucianą.
W 2008 roku, jako jubileuszowe dzieło na rzecz kościoła parafialnego, zostały wykonane następujące inwestycje: zakupiono obraz przedstawiający objawienia fatimskie i umieszczono go nad feretronem Matki Bożej, gruntownie odnowiono cztery okna na zewnątrz kościoła
i zainstalowano od wewnątrz cztery witraże przedstawiające: Ojca Świętego Jana Pawła II,
św. Faustynę Kowalską, św. Maksymiliana Kolbę i bł. Karolinę Kózkownę. Na najbliższe lata jest przewidziana kontynuacja modernizacji okien i instalowania nowych witraży z postaciami świętych polskich.